在win10系統中大多用戶使用的是office 辦公軟件,但是有時候要將制作好的文檔表格以PDF的形式發送給客戶預覽,防止客戶胡亂修改,我們就需要通過網上搜索什么word轉 dpf、excel轉pdf之類,不僅麻煩還容易打開惡意網站。其實不用這么麻煩,我們在win10系統中直接使用office本身的功能就可以將word或excel直接轉換為pdf,那么該如何轉換呢?具體操作方法如下:
我們打開office辦公軟件的任何一個,比如Word文件,在Word選項里邊,查看加載項的分類,發現是沒有和“另存為PDF或者XPS加載項”相關的項目,這就需要我們找到加載項,如圖一:
(圖一)
打開微軟官網“另存為PDF或者XPS加載項”,用戶也可直接使用我的成果就可以啦,輸入下圖中相應的網址,語言分類選擇“簡體中文”,點擊下載即可,如圖二:
(圖二)
下載完成以后,雙擊開始加載項安裝,點擊【接受協議】,點擊“繼續”按鈕,如圖:
(圖三)
(圖四)
等待系統配置好相應的信息之后,不到一分鐘的時間就安裝完成了,這時,打開我們的加載項看看是否已經添加上,如圖五、六、七:
(圖五)
(圖六)
(圖七)
我們從新打開Word文件,點擊左上角的微軟圖標,選擇“另存為”,在“保存文檔副本”當中,可以看到另存為“PDF或XPS”的選項,點擊即可,如圖八:
(圖八)
彈出“發布為PDF或XPS”的對話框,我們已經可以看到保存文件的類型為PDF了,是不是很簡單,大家可以嘗試下,最后點擊“發布”按鈕,如圖九:
(圖九)
設置完成后就可以得到PDF文件了,以后進行轉換的時候就方便了!
但是在高版本的 office 中如小編使用的office,自帶就有pdf插件,大家看,小編更換了office2016版本后在另存為文件夾的時候就有PDF的格式可以選擇!
文 / 利刃君
微信ID / ziyuanliren666
全文共3928字,推薦閱讀時間10分鐘。
Autodock是一款開源的分子模擬軟件,最主要應用于執行配體—蛋白分子對接。它由Scripps研究所的Olson實驗室開發與維護,官方網址是http://autodock.scripps.edu/,目前最新的版本是AutoDock 4.2.6,包括AutoDock和AutoGrid兩個模塊,AutoDock軟件包下載地址為http://autodock.scripps.edu/downloads/autodock-registration/autodock-4-2-download-page/,包括Linux、Mac OS和Windows版本以及源代碼。
AutoDockTools是AutoDock對接的可視化程序,最新版本為MGLTools1.5.6,下載地址為http://mgltools.scripps.edu/downloads。
這里利刃君為大家帶來Windows的軟件安裝程序,可由文末獲取。其他版本大家可以復制上面的鏈接進行下載。
本次教程以蛋白6PL1的晶體結構作為分子對接的受體,晶體結構由蛋白數據庫PDB網站下載,以其原配體OOJ為分子對接的配體,進行半柔性對接(對接受體蛋白設為剛性,對接配體小分子設為柔性)。
①可以使用pymol,VMD,Schrodinger,DS等軟件,將蛋白晶體結構中的配體抽離出來,保存為Lig.mol2文件用于分子對接;
②可以使用pymol,VMD,Schrodinger,DS等軟件將晶體結構6PL1中的水分子和原配體刪除,保存為protein.pdb文件作為分子對接的受體。
下圖中為處理好的蛋白晶體結構與配體結構。
-壹-
首先我們需要新建一個文件夾,設置該文件夾為我們的工作目錄,此后所有分子對接產生的文件均默認保存在該文件夾中,方便我們進行查看。
注:該文件夾所有路徑均要求為英文,不能出現中文和特殊字符。
利刃君這里在E盤新建文件夾“6PL1”,隨后將下載好的“autogrid4,autodock4”程序以及“6pl1.pdb,Lig.mol2”兩個文件拷貝到此文件夾下。
運行AutoDock Tool程序,選擇File>Preferences>Set…>在Startup Directory下面的空里填入工作目錄即剛才新建的文件夾路徑“E:/6PL1”>Make Default
此后所有輸入/輸出文件的默認路徑都是6PL1,即完成工作目錄的設置。
-貳-
①導入蛋白:點擊File>Read Molecule,選擇6PL1文件夾中的“6pl1.pdb”,點擊打開,導入蛋白文件。
②加氫:點擊Edit>Hydrogens>Add>點“OK”。(由于解析技術的原因,氨基酸的氫原子在晶體結構中是不存在的,因此需要手動加氫原子)
③加電荷:點擊Edit>Charges>Compute Gasteiger>點“OK”。
④保存處理好的蛋白文件:點擊Grid>Macromolecule>Choose…>選擇6pl1_model1后點“Select Molecule”>彈出的窗口點“確定”>彈出對話框點“保存”自動保存6pl1_model1.pdbqt。
為避免打開多個分子導致有可能出現選擇錯誤的問題,可點擊Edit>Delete>Delete All Molecules>CONTINUE刪除蛋白分子。
-叁-
對小分子配體進行加氫、加電荷(與蛋白的處理步驟相同)、加Root。
①點擊File>Read Molecule,選擇6PL1文件夾中的“Lig.mol2”,在打開的文件類型中選擇mol2格式,點擊打開,導入配體小分子。
②加氫:點擊Edit>Hydrogens>Add>點“OK”。
③加電荷:點擊Edit>Charges>Compute Gasteiger>點“OK”。
④加Root:點擊Ligand>Input>Choose…>選擇Lig后點“Select Molecule for AutoDock 4”
點擊Ligand>Torsion Tree>Detect Root…(ADT自動判定Ligand的Root)
點擊Ligand>Torsion Tree>Show Root Expansion(顯示Root擴展信息)
點擊Ligand>Torsion Tree>Show/Hind Root Marker(顯示/隱藏Root標記)
點擊Ligand>Torsion Tree>Choose Torsions…>Done
點擊Ligand>Output>Save as PDBQT…>保存
為避免打開多個分子導致有可能出現選擇錯誤的問題,可點擊Edit>Delete>Delete All Molecules>CONTINUE刪除配體分子。
-肆-
①導入受體:點擊Grid>Macromolecule>Open…>6PL1_model.pdbqt>彈出的所有窗口點Yes/OK/確定。
② 導入配體:點擊Grid>Set Map Types>Open Ligand…>選擇“Lig.pdbqt”>打開。
③生成受體網格:點擊Grid>Grid Box設置對接的盒子大小,坐標,格點數,隔點距離,這一步需要自己根據不同的結構來進行具體確認(一般可查文獻獲?。?,對于有配體的蛋白我們往往通過配體擴張法來生成活性位點網格,最終目標是對接的盒子包含了配體可能結合的最大區域即可。
本文參數設置為x=40,y=40,z=74,Spacing=0.375,xyz分別表示在各方向上的格點的數量,Spacing表示每個格點的長度,盒子中心坐標為(-4.71,11.99,19.4),設置完成后可以在圖形界面查看盒子的具體位置。
④保存網格文件:點擊File>Close saving current保存盒子信息,選擇Grid>Output>Save GPF,保存為protein_ligand.gpf文件(注意Windows下要手動添加文件名后綴)。
⑤進行AutoGrid:點擊Run>Run AutoGrid,這里,單擊Browse,在彈出來的頁面里選擇protein_ligand.gpf,點擊打開,這樣就自動生成了protein_ligand.glg文件。Nice Level設置為20(這里的值對對接結果沒有什么影響),然后點擊Launch運行。
AutoGrid4程序運行完畢后,除了生成一個protein_ligand.glg記錄文件外,最主要的是生成一系列針對不同原子探針的范德華作用力、靜電力以及去溶劑化作用力的Map文件,可以打開工作目錄6PL1查看。
-伍-
①設置對接受體:點擊Docking>Macromolecule>Set Rigid Filename…>選擇并打開6PL1_model.pdbqt,將受體蛋白質設置為剛性。
②設置對接配體:點擊Docking>Ligand>Open…>打開Lig.pdbqt>Accept。
隨后點擊Docking>Ligand>Choose…>選擇Lig,點“Select Ligand” 選擇配體,設置初始位置等信息,點擊Accept即可。
③設置對接信息:點擊Docking>Search Parameters>Genetic Algorithm…>Accept
接著點擊Docking>Docking Parameters…>Accept。
④保存文件:點擊Docking>Output>Lamrckian GA 4.2,選擇拉馬克遺傳算法作為對接算法,保存成為protein_ligand.dpf文件(Windows下手動加后綴),dpf文件中包含了分子對接的信息,默認對接的構象數為10個,可以用文本編輯器打開dpf文件,手動修改對接的構象數目(ga_run 10);
⑤進行分子對接:點擊Run>Run AutoDock,在彈出的窗口中點擊Browse,在彈出來的頁面里再一次選擇protein_ligand.dpf,點擊打開,這樣就自動生成了protein_ligand.dlg文件,Nice Level設置為20,然后點擊Launch運行。
-陸-
點擊Edit>Delete>Delete All Molecules>CONTINUE刪除配體分子。
點擊Analyze>Dockings>Open…>選擇并打開protein_ligand.dlg文件>出現的對話框都點Yes或確定。
之后點擊Analyze>Conformations>Load…即可將對接結果及分子構象載入到圖形窗口中,在彈出的protein_ligand Conformations Chooser對話框單擊列表中對應的分子構象編號,上部的顯示窗口即可顯示該分子構象的諸如Binding Energy等分子對接信息。
更多分析,比如聚類,構象疊合等大家可在analyze里找到。
資源獲取方式:
1.點擊頭像,添加關注;
2.點擊頭像,私信關鍵詞:036(注意關鍵詞不要多字少字,否則后臺無法識別)
就可獲取Windows版本最新版AutoDock、AutoDock Vina、AutoDock Tool安裝程序啦~