對于紙質文件來說，內容的原始性附著在形式的原始性上，其字體、字跡、圖像、印章等清晰可內容真偽易于判別，人們可以借助形式的原始性來證實和確認內容的原始性。紙質文件的原始性體現為內容和形式的統一，對于任何一項形式上電子檔案管理上的幾個關鍵問題的變化，人們都有理由對它的原始性表示懷疑。但電子檔案的內容與形式是相對獨立的，不僅內容易于變化，而且失去了固定的形式，使檔案部門在對電子檔案進行檢驗時，很難對電子檔案的原始性、真實性、完整性、安全性進行認定。
1、原始性問題。電子檔案的原始性不易判斷和確認。傳統紙質檔案的原始性不僅其內容而且還通過載體、形式表現出來數據庫安全性完整性，人們可以通過字體、印跡甚至字跡、紙張制成材料對其原始性加以分析判斷，而電子形式生成的由實態變為虛態的檔案，已完全沒有了這種“原始狀態”，其生成時的狀態與傳輸、接收中的狀態完全一致，可以說既是原始的，又是復制的。
2、真實性問題。電子檔案極易失真。如將紙質檔案轉化為電子檔案管理的操作過程稍有失誤即會導致檔案信息失實；電子檔案的真實性問題伴隨其生命的始終，維護其真實性是一個不間斷的過程，信息內容“出錯”的概率和機會遠高于傳統檔案；電子檔案可被原樣復制，甚至被篡改后可不留痕跡。
3、完整性問題。電子文件、電子檔案管理內容的完整性很難保障。電子文件經常處于流動狀態，如不及時捕獲數據庫安全性完整性，可能會導致信息丟失；電子文件結構復雜，儲存方式多樣，容易造成信息的缺損；電子文件的背景信息伴隨文件處理過程而不斷累加，而且形式多樣、存儲分散，極易丟失，往往致使電子文件來龍去脈不清。
4、安全性問題。電子數據的易更改性為非法操作提供了便利，“黑客”攻擊以及用戶根據利益需求而任意取舍甚至篡改信息，都會直接損害電子檔案的安全。