漢字編碼輸入過程可以分為輸入準備、文本獲得、消息形成、消息編碼、編碼鍵入、編碼接收、消息解碼、反饋提供、反饋接收等階段。另外，還有追加編碼、刪除編碼、翻頁查找、選擇確定、切換狀態、詞組管理等操作穿插在輸入過程中。需要說明的是，這些階段并不一定是按嚴格的順序進行的，也不是每個輸入法都必須具備的。不同輸入法的具體輸入過程還可以有很大的差別。
在輸入準備階段，假設用戶的計算機上已經裝上了他所需要的輸入法。如果他使用的是32位操作系統，那么他首先要打開接受漢字的應用程序窗口，并讓該窗口獲得輸入焦點。然后他可以選擇所需的輸入法，并使其與焦點窗口建立聯系。最后，如果必要，可適當地設置輸入法狀態，如設置為漢字方式、中文標點狀態。如果是DOS操作系統，具體的操作方法有些區別。如果是其它圖形界面操作系統，則操作方法類似。
在做好輸入準備工作后，用戶可以通過視覺從書面的打印稿或手寫稿獲得文本，也可以通過聽覺從別人的口授中獲得文本，還可以通過思考從自己的腹稿中獲得文本。接著用戶將獲得的文本進行分組而形成消息。消息被分解為漢字漢字輸入碼可分為有重碼和無重碼兩類，漢字又被分解成字元，字元被按一定規則映射到鍵盤字符而形成編碼。用戶依次將消息的編碼字符轉換成作用于鍵盤按鍵的手指動作。用戶的擊鍵動作觸發計算機或手機的鍵盤中斷，系統會對鍵盤中斷做出反應，并將其轉換為相應的字符。輸入法試圖將從鍵盤獲得的編碼還原成消息。輸入法將用戶輸入的編碼解碼，其中間結果、重碼字詞等通過輸入法界面窗口顯示出來，最終的轉換結果則在目標應用程序窗口中顯示。用戶可以不斷地監視反饋信息，并在必要時采取相應的措施。
追加編碼操作一般出現在那些采用強制簡碼的不等長碼輸入法中。用戶在輸入時不斷監視反饋信息，逐鍵查看提示窗口中是否出現了所要的消息。如果沒有則繼續追加編碼直到出現所要的消息或碼長達最長為止。因為非職業打字員總是看著屏幕進行輸入的，總是監視著反饋信息的，而職業打字員需要盡量不將視線離開紙質稿件，無法隨時監視反饋信息，所以這種加碼方法非常適合非職業打字員進行“想打”，而不適合職業打字員進行看稿錄入。
刪除編碼操作可以出現在任何輸入法的輸入過程中。一旦出現編碼錯誤，就需要刪除操作來更正編碼。對于不熟練的操作者，刪除編碼的操作是相當頻繁的，而職業打字員的刪除操作則很少。語句型的輸入法對已輸入的編碼還具有相當程度的編輯功能，可以前后移動編碼窗口中的插入光標等。各種輸入法幾乎無一例外地用退格鍵來刪除單個編碼字符。有的輸入法還用回車鍵或ESC鍵來一次性清除所有編碼。不過，這些鍵用于刪除編碼都是有編碼不為空這個條件的，在編碼為空時它們還是保持原來的用途。
翻頁查找操作在純拼音類輸入法中出現得頻繁，因為純拼音類輸入法的重碼很多，往往一頁顯示不下，有時甚至需要多次翻頁才能找到所需的字詞。每頁顯示的同碼字詞越多給用戶造成的操作負荷就越大。在翻頁操作的用鍵上，“,.”、“[]”和“-=”都有輸入法采用。
選擇確定操作的頻繁程度取決于輸入法重碼率高低。傳統的輸入法都用空格鍵和數字鍵選擇確定重碼字詞。為了增強輸入法的易用性，新近的輸入法平臺，如極點中文輸入平臺，可以使用左右上檔鍵選擇第二和第三重碼字詞，從而盡量避免使用上排數字鍵選擇重碼。
在待輸入文本的字符類型較多時，不可避免地要經常進行輸入法狀態的狀態切換操作。最常見的輸入狀態切換是中文和英文狀態間的切換，其次還有全角狀態和半角狀態間的切換、中文標點狀態和西文標點狀態間的切換、造詞狀態和非造詞狀態間的切換等。軟鍵盤的調用也可以看成是一種特殊的狀態切換漢字輸入碼可分為有重碼和無重碼兩類，主要用于不太常見的符號的輸入。
在線進行詞組編碼的增刪改是先進的輸入法不可缺少的能力，因為詞組的使用可以縮短動態碼長，而輸入法已有的詞組一般都不能完全滿足用戶需要。