簡單的講HMMER就是一款比對軟件，可以類似于blast等，但是它提供的比對結果要精確于blast,相應的速度也要慢。與其類似的比對軟件有PSI-blast、SAM、等。
用途一：對于一條未知的序列在蛋白質數據庫中尋找比對，HMMER完全可以取代目前常用的 和 PSI-BLAST。
用途二：可以自動注釋蛋白質結構域。包括pfam、SMART。
用途三：在數據庫中尋找已有家族的相似序列。
HMMER的程序如下，注意每個程序都是輸出文件在前面，輸入文件在后面：
（建立參考數據的隱馬爾可科夫模型）
輸入：多重序列比對的文件（ file）
輸出：建立的這些多重序列比對的隱馬爾可科夫模型，
例子： .hmm /.sto
（多重序列比對）輸入：輸入是fasta文件輸出： 格式的多重序列比對文件例子： .hmm /.fa
（在數據庫中尋找已經建立好的模體）
輸入：建立好的參考數據模型、要搜索的數據庫
輸出：輸出結果
例子： .hmm sprot.fasta > .out
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（對于只有一條未知蛋白序列的情況下，就省去多重序列比對和建立模型的過程直接一步到位，期間使用了打分矩陣，類似于-like）
輸入:/HBB HUMAN 是你要檢測的fasta格式的序列， sprot.fasta你要搜索的數據庫
phmmer tutorial/HBB HUMAN uniprot sprot.fasta
（類似于，輸入的query可以是fasta格式的DNA或者RNA序列,但是只能是一條。如果是多條請先做多重序列比對（），然后使用建立模型()序列格式與數據庫的區別序列格式與數據庫的區別，然后生成的hmm作為輸入）
nhmmer MADE1.hmm dna target.fa > MADE1.out
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如果你有未知的序列去搜尋已知的模型數據庫，例如：Pfam, SMART, or .這個時候搜尋的過程就使用,相應的核酸序列就使用.
首先還是要建立模型數據庫，如果你要合并多個可以直接:
cat globins4.hmm fn3.hmm Pkinase.hmm > minifam
如果你僅僅有的是模型數據庫的多重序列比對格式文件例如來自pfam數據庫的（ file）Pfam-A.seed文件：你可以利用 建立模型數據庫：
hmmbuild Pfam-A.hmm Pfam-A.see
生成的文件為pfam-A.hmm由于你一般建立的模型數據庫比較大，所以需要建立index,運行： （感覺有點像）
最后運行：
mmscan minifam tutorial/7LESS DROME
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